- 追加された行はこの色です。
- 削除された行はこの色です。
[[FrontPage]]
*1. Vagrantを使ったSage jupyter環境の紹介 [#f47b81a8]
Sageでもjupyterのnotebookがスタンダードになり、Sageだけでなく、
Pandasやtheano等のpythonパッケージを使ったnotebookが増えてくると思います。
Vagrantを使って仮想マシンに構築したSageの紹介とこれまで作成したnotebookをjupyterに移植し、
紹介して行きます。また、必要なパッケージのインストール方法についても適宜説明します。
今回使用するVagrantの仮想マシン（Vagrantではboxと呼びます）の作成方法については、
以下のリンクで紹介しています。
- [[Vagrantを使ったSage jupyter環境構築方法:vagrant/ReadMe.md]]
*2. 必要なアプリケーションのインストール [#r23caa0c]
環境構築に必要なアプリケーションは、以下の２つです。
- VirtualBox: 無料で使用できるx86仮想化ソフトウェアです。Ubuntu14.04の仮想環境を実行するために使用します。<sup>[[1:#note1]]</sup>
- Vagrant: 仮想環境を構築し、実行するためのツールです。<sup>[[2:#note2]]</sup>
**2.1. VirtualBoxのインストール [#w72250fe]
#ref(https://www.virtualbox.org/graphics/vbox'''logo2'''gradient.png "VirtualBox Logo",VirtualBox Logo)
VirtualBoxは、以下のダウンロードサイトからお使いの環境に合わせてダウンロードし、インストールしてください。
- https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads
**2.2. Vagrantのインストール [#jfc83f27]
Vagrant（ベイグラント）は、以下のダウンロードサイトからお使いの環境に合わせてダウンロードし、インストールしてください。
- https://www.vagrantup.com/downloads.html
*3. SageMathのインストール [#q8c8d375]
準備ができましたので、SageMathをVirtualBoxの仮想マシンで動くようにします。
**3.1. vagrantファイルのダウンロード [#u784c459]
Githubの以下のURLからjupyter用のnotebookとvagrant環境構築用ファイルをダウンロードします。
ターミナルソフトを起動し、以下のGitコマンドを使って必要なファイルをダウンロードします。
```bash
$ git clone https://github.com/take-pwave/jupyter.git
```
Gitでcloneを作った場合、ブランチを作成しておくと追加されたnotebookの取り込みが楽になります。
```bash
$ cd jupyter
$ git branch develop
$ git checkout develop
```
gitコマンドが使えない場合には、以下のURLの「Clone or download」をクリックし、Download ZIPを選択してください。
- https://github.com/take-pwave/jupyter
**3.2. boxファイルのダウンロード [#o535c40b]
Vagrantには、自分の作成した仮想マシンをからboxファイルを作成するpackage機能が提供されています。
Ubuntu14.04にSageMathをインストールして、以下のパッケージを追加したboxを私の公開しているSage
サーバ（www15191ue.sakura.ne.jp）にアップしました。
私の公開しているSageMath環境には、以下のパッケージをインストールしています。
- pythonパッケージ
-- pandas 0.18.1
**3.3. 仮想マシンの起動 [#u5fbfa3c]
jupyterをダウンロードしたディレクトリをDOWNLOAD_DIRとします。
ターミナルソフトを起動して、以下のコマンドを入力してください（$ の後のコマンドを入力）。
```bash
$ cd DOWNLOAD_DIR/MySageMath
$ vagrant up
```
Sageサーバからboxファイルがダウンロードされ、仮想マシンが起動します。
boxをダウンロードしている途中にtime outでエラーになった場合には、再度vagrant upを実行すると
以前ダウンロードしたファイルに追加して処理します。
3.81GBのファイルをダウンロードするため、完了するまでかなり時間が掛かります。
ダウンロードが終わり、仮想マシンが起動すると以下の様な画面が表示されます。
```
==> default: Clearing any previously set network interfaces...
==> default: Preparing network interfaces based on configuration...
default: Adapter 1: nat
==> default: Forwarding ports...
default: 8888 (guest) => 8888 (host) (adapter 1)
default: 22 (guest) => 2222 (host) (adapter 1)
==> default: Running 'pre-boot' VM customizations...
==> default: Booting VM...
==> default: Waiting for machine to boot. This may take a few minutes...
default: SSH address: 127.0.0.1:2222
default: SSH username: vagrant
default: SSH auth method: private key
default: Warning: Remote connection disconnect. Retrying...
==> default: Machine booted and ready!
==> default: Checking for guest additions in VM...
==> default: Mounting shared folders...
default: /vagrant => /Users/take/proj/jupyter/MySageMath
==> default: Machine already provisioned. Run `vagrant provision` or use the `--provision`
==> default: flag to force provisioning. Provisioners marked to run always will still run.
```
**3.4. 仮想マシンの停止 [#sab140e5]
仮想マシンを終了するには、以下のコマンドを入力してください（$ の後のコマンドを入力）。
```bash
$ vagrant halt
```
**4. SageMathを使ってみる [#mf66e270]
ブラウザーで以下のURLを開きます。
```
http://localhost:8888/
```
jupyterの初期画面が表示されます。
#ref(images/jupyter_screen.png,jupyter screen)
新しくノートブックを作成する場合には、ここで表示されているnotebookディレクトリ中で作成してください。
***4.1. ノートブックを見る [#c2cb2a30]
ブラウザーに表示された「notebook」をクリックし、その中の「GettingStart.ipynb」をクリックしてください。
以下の様に「GettingStart」ノートブックの内容が表示されます。
#ref(images/GettingStart_nb.png,jupyter screen)
File, Edit等のメニューが並んでいる右端には、現在実行しているカーネル（ここではSageMath 7.2）の種類が表示されます。
もしも現在稼働中のカーネルが異なっている場合には、「Kernel」→「Change kernel」メニューから「SageMath 7.2」を選択してください。
***4.2. ノートブックファイルの場所 [#a5ed251f]
jupyterのnotebook内に作成されたファイルは、vagrantのファイル共有機能を使って仮想マシンを実行しているマシン（ホストマシン）のDOWNLOAD_DIR/MySageMath/notebookに保存されます。
作成したノートブックのバックアップやファイルの追加・削除もホストマシンで簡単にできます。
#ref(images/notebook_dir.png,jupyter screen)
**5. Githubの更新情報を取り込む [#w1c3dd19]
これまで作成したSageのノートブックをjupyterに移植するため、Githubの内容は日々更新されます。
gitコマンドを使って安全にGithubの更新情報を取り込む方法を説明します。
最初に作業中のブランチがdevelopであることを確認します。
developに*が付いており、作業中のブランチがdevelopであることを確認できました。
```bash
$ git branch
- develop
master
```
次に、現在の作業をコミットします。ここではコミットのコメントを'temp snap'としました。
```bash
$ git add .
$ git commit -m 'temp snap'
```
ブランチをmasterに変更し、Githubの更新を取り込みます。
```bash
$ git checkout master
$ git pull
```
再度、ブランチをdevelopに切換、masterへの変更をdevelopに取り込みます。
```bash
$ git checkout develop
$ git rebase master
```
**6. boxファイルを他のマシンで使用 [#i6c4bcf3]
複数のマシンでSageMathを使いたい場合、毎回boxファイルのダウンロードに時間が掛かってしまい大変です。
自分の環境のMySageMath仮想マシンからboxファイルを作成し、他のマシンで使用する方法を紹介します。
以下のコマンドで現在使用しているMySageMath仮想マシンのboxファイルを作成します。
```bash
$ cd DOWNLOAD_DIR/MySageMath
$ vagrant package
==> default: Clearing any previously set forwarded ports...
==> default: Exporting VM...
==> default: Compressing package to: /Users/take/proj/jupyter/MySageMath/package.box
```
これで、package.boxファイル（3.81GB）が出来上がります。
USBメモリ等でpackage.boxを他のマシンにコピーし、以下のコマンドを使って取り込みます。
作業が完了すれば、package.boxは不要なので削除します。
```bash
$ vagrant box add MySageMath package.box
$ rm package.box
```
**7. パッケージ関連 [#o86e462b]
MySageMathのboxにインストールされている（あるいはしたい）パッケージは、
以下のページを参照してください。
- [[SageMathへのパッケージの追加方法:add'''package'''into_sage.md]]
![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
