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** JAGSとは [#v1c5b5c7]
JAGSは、Just Another Gibbs Samplerの略で、マルコフ連鎖モンテカルロ法の一つであるギブス・サンプラーです。

SageのRからJAGSを使うために、Mac OS X (Lion)とCentOS 5.7にJAGSをインストールした記録を忘備録として残しておきます。

** Mac版 [#y3adf6ad]
Mac版のJAGSは、MacPortsとJAGSの本家の両方がありますが、SageのRから使う場合には、本家のバイナリでないとRのバッケージrjagsのコンパイルに失敗してしまいます。

*** バック版のバイナリ [#wbcef721]
次のサイトの http://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/3.x/Mac%20OS%20X/ から、
JAGS-3.1.0.dmg をダウンロードして、ダブルクリックするとJAGS 3.1.0uのパッケージが表示されますので、これを使ってインストールします。

*** Rパッケージのインストール [#j08c938d]
Rを起動して、コンソール画面で以下のコマンドを実行するとrjagsパッケージがインストールされます。
#pre{{
> install.packages('rjags')
}}

*** Sage4.8のRパッケージを追加する場合 [#h0a88752]
SageのRパッケージは、notebookからでもインストールできるのですが、rjagsはC++のプログラムをコンパイルしますので、ターミナルから以下のように実行してインストールします。（以下sageのインストールされているディレクトリをSAGE_ROOTと表します）

#pre{{
$ SAGE_ROOT/sage -R
> install.packages('rjags')
ダウンロードサイト一覧がでますので、44番のJapan(Tokyo)を選択します。
Selection: 44
}}

*** Sage5.0のRパッケージを追加する場合 [#s649dff2]
Sage5.0の場合には、上記の方法ではダメでした。
そこで、rjagsのソースをダウンロードして以下のように実行しました。
#pre{{
$ ~/local/sage-4.8/sage -R CMD INSTALL --configure-args='--with-jags-lib=/usr/local/lib  --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3' rjags_3-2.tar.gz
}}
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