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2011/07/15からのアクセス回数 &counter;

** JAGSとは [#v1c5b5c7]
JAGSは、Just Another Gibbs Samplerの略で、マルコフ連鎖モンテカルロ法の一つであるギブス・サンプラーです。

SageのRからJAGSを使うために、Mac OS X (Lion)とCentOS 5.7にJAGSをインストールした記録を忘備録として残しておきます。

** Mac版 [#y3adf6ad]
Mac版のJAGSは、MacPortsとJAGSの本家の両方がありますが、SageのRから使う場合には、本家のバイナリでないとRのバッケージrjagsのコンパイルに失敗してしまいます。

*** バック版のバイナリ [#wbcef721]
次のサイトの http://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/3.x/Mac%20OS%20X/ から、
JAGS-3.1.0.dmg をダウンロードして、ダブルクリックするとJAGS 3.1.0uのパッケージが表示されますので、これを使ってインストールします。

*** Rパッケージのインストール [#j08c938d]
Rを起動して、コンソール画面で以下のコマンドを実行するとrjagsパッケージがインストールされます。
#pre{{
> install.packages('rjags')
}}

*** Sage4.8のRパッケージを追加する場合 [#h0a88752]
SageのRパッケージは、notebookからでもインストールできるのですが、rjagsはC++のプログラムをコンパイルしますので、ターミナルから以下のように実行してインストールします。（以下sageのインストールされているディレクトリをSAGE_ROOTと表します）

#pre{{
$ SAGE_ROOT/sage -R
> install.packages('rjags')
ダウンロードサイト一覧がでますので、44番のJapan(Tokyo)を選択します。
Selection: 44
}}

*** Sage5.0ではダメ [#s649dff2]
Sage5.0の場合には、上記の方法ではダメでした。
rjagsのソースをダウンロードして、以下のようにコマンドラインにrjagsのconfigure様のオプションを指定したりして実行しましたが、失敗しました。
*** Sage5.8のソース版ならＯＫ [#s649dff2]
最新のSage5.8は、最新のXCodeのGCCでコンパイルできるので、sage-5.8.tarをダウンロードし、ソースからSage-5.8を作ります。

以下の様にrjagsのソースかインストールするように指定しればインストールできます。
#pre{{
$ ~/local/sage-4.8/sage -R CMD INSTALL --configure-args='--with-jags-lib=/usr/local/lib \
 --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3' rjags_3-2.tar.gz
install.packages("rjags", type="source", configure.args="--with-jags-lib=/usr/local/lib \
 --with-jags-include=/usr/local/include/JAGS --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3")
}} 

** コメント [#bd75ba9b]
#vote(おもしろかった[1],そうでもない[0],わかりずらい[0])

皆様のご意見、ご希望をお待ちしております。
- Sage 5.2 でもダメでした (sage -R  --> R version 2.14.0 (2011-10-31) ) -- [[kd]] &new{2012-09-05 (水) 18:54:04};
- Sage公開サーバ http://www15191ue.sakura.ne.jp:8000/ にもrjagsをインストールしてありますので、こちらをお使い下さい。 -- [[竹本　浩]] &new{2012-09-05 (水) 19:11:21};
- Sage をソースから make したら（v. 5.3）、R package に関係するこのようなトラブルが無くなりました。 -- [[kd]] &new{2012-09-11 (火) 19:33:40};
- kdさん、うまく動くようになってよかったですね。Sageのコンパイルは時間掛かりますよね、お疲れ様でした！ -- [[竹本　浩]] &new{2012-09-11 (火) 21:59:28};
- 私もSage-5.8をソースから作成し、以下のコマンドでrjagsをインストールしたら、Rに関するトラブルなく
インストールできました。-- [[竹本　浩]] &new{2013-04-09 (火) 12:54:38};
#pre{{
install.packages("rjags", type="source", configure.args="--with-jags-lib=/usr/local/lib \
 --with-jags-include=/usr/local/include/JAGS --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3")
}} 

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}}
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