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2011/07/15からのアクセス回数 1803

JAGSとは

JAGSは、Just Another Gibbs Samplerの略で、マルコフ連鎖モンテカルロ法の一つであるギブス・サンプラーです。

SageのRからJAGSを使うために、Mac OS X (Lion)とCentOS 5.7にJAGSをインストールした記録を忘備録として残しておきます。

Mac版

Mac版のJAGSは、MacPortsとJAGSの本家の両方がありますが、SageのRから使う場合には、本家のバイナリでないとRのバッケージrjagsのコンパイルに失敗してしまいます。

バック版のバイナリ

次のサイトの http://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/3.x/Mac%20OS%20X/ から、 JAGS-3.1.0.dmg をダウンロードして、ダブルクリックするとJAGS 3.1.0uのパッケージが表示されますので、これを使ってインストールします。

Rパッケージのインストール

Rを起動して、コンソール画面で以下のコマンドを実行するとrjagsパッケージがインストールされます。

> install.packages('rjags')

Sage4.8のRパッケージを追加する場合

SageのRパッケージは、notebookからでもインストールできるのですが、rjagsはC++のプログラムをコンパイルしますので、ターミナルから以下のように実行してインストールします。(以下sageのインストールされているディレクトリをSAGE_ROOTと表します)

$ SAGE_ROOT/sage -R
> install.packages('rjags')
ダウンロードサイト一覧がでますので、44番のJapan(Tokyo)を選択します。
Selection: 44

Sage5.8のソース版ならOK

最新のSage5.8は、最新のXCodeのGCCでコンパイルできるので、sage-5.8.tarをダウンロードし、ソースからSage-5.8を作ります。

以下の様にrjagsのソースかインストールするように指定しればインストールできます。

install.packages("rjags", type="source", configure.args="--with-jags-lib=/usr/local/lib \
 --with-jags-include=/usr/local/include/JAGS --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3")

コメント

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皆様のご意見、ご希望をお待ちしております。

  • Sage 5.2 でもダメでした (sage -R --> R version 2.14.0 (2011-10-31) ) -- kd? 2012-09-05 (水) 18:54:04
  • Sage公開サーバ http://www15191ue.sakura.ne.jp:8000/ にもrjagsをインストールしてありますので、こちらをお使い下さい。 -- 竹本 浩? 2012-09-05 (水) 19:11:21
  • Sage をソースから make したら(v. 5.3)、R package に関係するこのようなトラブルが無くなりました。 -- kd? 2012-09-11 (火) 19:33:40
  • kdさん、うまく動くようになってよかったですね。Sageのコンパイルは時間掛かりますよね、お疲れ様でした! -- 竹本 浩? 2012-09-11 (火) 21:59:28
  • 私もSage-5.8をソースから作成し、以下のコマンドでrjagsをインストールしたら、Rに関するトラブルなく インストールできました。-- 竹本 浩? 2013-04-09 (火) 12:54:38
    install.packages("rjags", type="source", configure.args="--with-jags-lib=/usr/local/lib \
     --with-jags-include=/usr/local/include/JAGS --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3")
    

(Input image string)

}}



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Last-modified: 2013-04-09 (火) 12:54:38 (1480d)
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