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2016/07/3からのアクセス回数 3583 仮想マシン環境を使ったSage jupyter環境構築 †Sageのノートブックに様々な記事を書いていますが、環境がどんどん変わってしまい、 他の人が同じことをするのが、大変な事態になってしましました。 そこで、仮想マシンにSage jupyter環境を構築し、vagrantを使って手順を自動化することにより、 同じ体験を共有できるようにしました。 以下のGithubサイトに「Vagrantを使ったSage jupyter環境構築」を紹介しています。 公開直後（2016/07/02） †公開直後のReadMeのPDFを添付しました。 テキストブックの登録作業 †日本語環境への対処（2016/07/02） †sageのpythonは、バージョン2.7で日本語との相性がよくありません。そこで、sitecustomize.pyを sageのsite-package配下にコピーする必要があります。 ダウンロードしたbootstrap.shに以下の1行が含まれていない場合には、 cp /vagrant/sitecustomize.py /usr/lib/sagemath/local/lib/python2.7/site-packages/ ターミナルソフトで、jupyter/vagrantに移動して、以下の$の後のコマンドを実行してください。
$ cd DOWNLOAD_DIR/vagrant $ vagrant ssh Welcome to Ubuntu 14.04.4 LTS (GNU/Linux 3.13.0-86-generic x86_64) * Documentation: https://help.ubuntu.com/ 途中省略 Last login: Sat Jul 2 09:01:42 2016 from 10.0.2.2 vagrant@vagrant-ubuntu-trusty-64:~$ sudo cp /vagrant/sitecustomize.py /usr/lib/sagemath/local/lib/python2.7/site-packages/ 010から040まで登録（2016/07/03） †vagrant/notebook/textbookに以下のページを追加しました。
トップのReadMeを追加（2016/07/09） †トップのReadMeにSageサーバからMySageMathのboxをダウンロードして、使用する方法を紹介。 テキストブックには、以下のページを追加しました。
テキストブックの場所を移動（2016/07/10） †vagrant/notebook/textbookを/MySageMath/notebook/texbookに移動しました。 R連携のtext_120_with_Rを追加（2016/07/10） †R連携でPDFをjupyterで表示するために、Wandパッケージを追加しました。 また、RUtil.pyもjupyter対応しました。 apt-getで以下のパッケージを追加 $ sudo apt-get install libmagickwand-dev pipでWandをインストール $ sudo sage -sh (sage) $ pip install Wand テキストブックの移植完了（2016/07/11） †以下のテキストブックを追加して、移植は完了です。
久保本のノートブックを追加（2016/07/17） †pythonのパッケージseabornを追加しました。 $ sudo sage -sh (sage) $ pip install seaborn 7章では、Rのパッケージインストール文のコメントを外してインストールしてください。 #r("install.packages('glmmML')")
久保本の9章、10章を追加 †pythonのパッケージseabornを追加しました。 $ sudo sage -sh (sage) $ pip install pyjags Rのcodaとrjagsパッケージをインストールします。 $ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rjags/rjags_3-15.tar.gz
$ sage -R <<\EOF
options(repos='http://cran.us.r-project.org')
install.packages("coda")
install.packages("rjags_3-15.tar.gz", repo=NULL, type="source")
EOF
井出本の2章から7章の途中までを移植（2016/08/28） †pythonのパッケージsklearnを追加しました。 $ sudo sage -sh (sage) $ pip install sklearn RのcarとFNNパッケージをインストールします。 $ sage -R <<\EOF
options(repos='http://cran.us.r-project.org')
install.packages("car")
install.packages("FNN")
EOF
Windows環境での仮想マシン環境構築について †以下のサイトにWindowsマシンでのVagrantを使った環境構築手順が紹介されています。 vagrant sshの代わりにTeraTermを使ってアクセスする部分がポイントになります。 コメント †皆様のご意見、ご希望をお待ちしております。 Tweet |
